This shows you the differences between two versions of the page.
Next revision | Previous revision | ||
nl:viewport [2022/10/11 23:00] yves created |
nl:viewport [2022/11/10 14:06] (current) yves [Fluorescerende content] |
||
---|---|---|---|
Line 1: | Line 1: | ||
- | Naar content kijken (PMA.UI viewport) | + | ===== Naar content kijken (PMA.UI viewport) ===== |
PMA.core omvat het PMA.UI framework, wat een veelzijdige viewport voor controle bevat. | PMA.core omvat het PMA.UI framework, wat een veelzijdige viewport voor controle bevat. | ||
+ | |||
+ | {{ :viewport_pma_core.jpg?direct&400 |}} | ||
+ | |||
De viewport van PMA.UI is online en onafhankelijk; het front-end draait in uw favoriete webbrowser. | De viewport van PMA.UI is online en onafhankelijk; het front-end draait in uw favoriete webbrowser. | ||
U kunt dit gebruiken om brightfield, fluorescentie en Z-stacked beeld-inhoud te bekijken vanuit dezelfde | U kunt dit gebruiken om brightfield, fluorescentie en Z-stacked beeld-inhoud te bekijken vanuit dezelfde | ||
omgeving. | omgeving. | ||
+ | |||
De tile server wordt geleverd met een standaard PMA.UI configuratie. Wanneer dit wordt ingesloten door downstream applicaties, | De tile server wordt geleverd met een standaard PMA.UI configuratie. Wanneer dit wordt ingesloten door downstream applicaties, | ||
- | zoals PMA.studio, of in aangepaste scenario’s en analytische pijplijnen, worden er veel meer opties voor maatwerk | + | zoals [[https://www.pathomation.com/pma.studio/|PMA.studio]], of in aangepaste scenario’s en analytische pijplijnen, worden er veel meer opties voor maatwerk mogelijk. |
- | mogelijk. | + | |
- | Navigeren | + | {{ ::viewport_config.jpg?direct&400 |}} |
+ | |||
+ | ==== Navigeren ==== | ||
Gebruik de pijltjestoetsen op uw toetsenbord om te bewegen | Gebruik de pijltjestoetsen op uw toetsenbord om te bewegen | ||
+ | |||
+ | {{ ::viewport_panning1.png?direct&400 |}} | ||
Klik op de linkermuisknop en beweeg de muis om de beeld te bewegen. | Klik op de linkermuisknop en beweeg de muis om de beeld te bewegen. | ||
+ | |||
+ | {{ ::viewport_panning2.png?direct&400 |}} | ||
+ | |||
Indien u snel ergens naartoe wilt navigeren, kunt u overal op de overzichtsafbeelding klikken om direct | Indien u snel ergens naartoe wilt navigeren, kunt u overal op de overzichtsafbeelding klikken om direct | ||
naar dat gebied te navigeren met de huidige uitvergroting. | naar dat gebied te navigeren met de huidige uitvergroting. | ||
+ | |||
+ | {{ ::viewport_panning3.png?direct&400 |}} | ||
+ | |||
Indien u een beeld wilt roteren, gebruikt u Alt + muisbewegingen. Alternatief kunt u de rotatieknop aan de | Indien u een beeld wilt roteren, gebruikt u Alt + muisbewegingen. Alternatief kunt u de rotatieknop aan de | ||
linker onderzijde van het scherm gebruiken om uw muis eenvoudiger te besturen, of om zeer precieze rotatiehoeken in te voeren. | linker onderzijde van het scherm gebruiken om uw muis eenvoudiger te besturen, of om zeer precieze rotatiehoeken in te voeren. | ||
- | Inzoomen | + | {{ ::viewport_panning4.png?direct&400 |}} |
+ | |||
+ | ==== Inzoomen ==== | ||
De viewport van PMA.UI biedt verschillende manieren om in te zoomen op een beeld. | De viewport van PMA.UI biedt verschillende manieren om in te zoomen op een beeld. | ||
+ | |||
De meest eenvoudige wijze is om het wieltje op uw muis te gebruiken: het wiel voorwaarts duwen (weg | De meest eenvoudige wijze is om het wieltje op uw muis te gebruiken: het wiel voorwaarts duwen (weg | ||
van uzelf) laat u inzoomen; het wiel naar uzelf toe brengen (of achterwaarts scrollen), zoomt weer uit. | van uzelf) laat u inzoomen; het wiel naar uzelf toe brengen (of achterwaarts scrollen), zoomt weer uit. | ||
Verder hebben wij de snelheid van deze interactie geoptimaliseerd, zodat u van het ruimste overzicht | Verder hebben wij de snelheid van deze interactie geoptimaliseerd, zodat u van het ruimste overzicht | ||
naar het meest ingezoomde niveau kunt gaan in één soepele beweging. | naar het meest ingezoomde niveau kunt gaan in één soepele beweging. | ||
+ | |||
Indien u geen muis heeft, of preciezere controle wilt, dan kunt u de zoombedieningen aan de linker | Indien u geen muis heeft, of preciezere controle wilt, dan kunt u de zoombedieningen aan de linker | ||
bovenkant van het scherm ook gebruiken. Hier bevinden zich plus- en minknoppen om in te zoomen (de vergroting verhogen) of | bovenkant van het scherm ook gebruiken. Hier bevinden zich plus- en minknoppen om in te zoomen (de vergroting verhogen) of | ||
om uit te zoomen (de vergroting verlagen). | om uit te zoomen (de vergroting verlagen). | ||
+ | |||
+ | {{ ::viewport_zooming1.png?direct&200 |}} | ||
+ | |||
Er is ook een zoombar. U kunt deze bedienen door de schuifbalk op en neer te bewegen en hiermee | Er is ook een zoombar. U kunt deze bedienen door de schuifbalk op en neer te bewegen en hiermee | ||
uw vergroting aan te passen. | uw vergroting aan te passen. | ||
- | De schuifbalk is erg nuttig, zelfs wanneer u hiermee niet uw vergroting wilt aanpassen; het geeft ook aan of | + | |
+ | {{ ::viewport_zooming2.png?direct&200 |}} | ||
+ | |||
+ | De schuifbalk is nuttig, zelfs wanneer u hiermee niet uw vergroting wilt aanpassen; het geeft ook aan of | ||
u momenteel naar content kijkt via een optimale uitvergroting of een digitale uitvergroting. Het aantal | u momenteel naar content kijkt via een optimale uitvergroting of een digitale uitvergroting. Het aantal | ||
kunstmatig toegevoegde zoomniveaus kan worden beheerd in PMA.UI. Daarnaast kunnen ze ook volledig worden uitgeschakeld. | kunstmatig toegevoegde zoomniveaus kan worden beheerd in PMA.UI. Daarnaast kunnen ze ook volledig worden uitgeschakeld. | ||
- | On mobiele apparaten werkt knijpen ook (gebruik de knijpbeweging ook om de afbeelding te roteren!) | + | {{ ::viewport_zooming3.png?direct&200 |}} |
- | Thumbnails en labels | + | |
+ | Op mobiele apparaten werkt knijpen ook (gebruik de knijpbeweging ook om de afbeelding te roteren!) | ||
+ | |||
+ | ==== Thumbnails en labels ==== | ||
Geassocieerde afbeeldingen zijn afbeeldingen die onderdeel vormen van het volledige datapakket van de beeld en bieden | Geassocieerde afbeeldingen zijn afbeeldingen die onderdeel vormen van het volledige datapakket van de beeld en bieden | ||
extra informatie over de beeld. Voorbeelden hiervan zijn een thumbnailafbeelding, een scanmap of een labelafbeelding. | extra informatie over de beeld. Voorbeelden hiervan zijn een thumbnailafbeelding, een scanmap of een labelafbeelding. | ||
- | De eerstgenoemde en laatstgenoemde afbeeldingen worden automatisch aan de rechterkant van de viewport toegevoegd, als deze | + | De eerstgenoemde en laatstgenoemde afbeeldingen worden automatisch aan de rechterkant van de viewport toegevoegd, als deze beschikbaar zijn. |
- | beschikbaar zijn. | + | |
+ | {{ ::viewport_associates.png?direct&400 |}} | ||
De labelafbeelding kan naar wens geroteerd worden. Hierop klikken laadt de afbeelding in een aparte weergavevenster. | De labelafbeelding kan naar wens geroteerd worden. Hierop klikken laadt de afbeelding in een aparte weergavevenster. | ||
Line 48: | Line 80: | ||
Thumbnails, labelafbeeldingen en geassocieerde afbeeldingen in het algemeen kunnen ook individueel opgevraagd en gepresenteerd worden. | Thumbnails, labelafbeeldingen en geassocieerde afbeeldingen in het algemeen kunnen ook individueel opgevraagd en gepresenteerd worden. | ||
- | Bijhouden | + | ==== Traceren ==== |
De thumbnail widget bevat een speciale knop die u in staat stelt om uw voortgang over een slide bij te houden: | De thumbnail widget bevat een speciale knop die u in staat stelt om uw voortgang over een slide bij te houden: | ||
+ | |||
+ | {{ ::viewport_tracking.png?direct&200 |}} | ||
+ | |||
Wanneer dit ingeschakeld is, bedekt een grijze overlay de thumbnail van uw slide, waarbij delen geleidelijk verdwijnen, | Wanneer dit ingeschakeld is, bedekt een grijze overlay de thumbnail van uw slide, waarbij delen geleidelijk verdwijnen, | ||
naarmate u over de slide navigeert. Het zoomniveau waarop u een specifiek gebied inspecteert, | naarmate u over de slide navigeert. Het zoomniveau waarop u een specifiek gebied inspecteert, | ||
beïnvloedt de kleur van de omtrek in het tracking scherm. | beïnvloedt de kleur van de omtrek in het tracking scherm. | ||
+ | |||
+ | {{ :viewport_tracking2.png?direct&400 |}} | ||
+ | |||
Deze vorm van tracking is onmiddellijk en ad-hoc. Wanneer u de viewport sluit, verdwijnt de tracking en wordt | Deze vorm van tracking is onmiddellijk en ad-hoc. Wanneer u de viewport sluit, verdwijnt de tracking en wordt | ||
- | de geschiedenis niet bewaard. Indien u geïnteresseerd bent in het bijhouden van weergave-acties over langere tijd en over uw | + | de geschiedenis niet bewaard. Indien u geïnteresseerd bent in het bijhouden van weergave-acties over langere tijd en over uw gebruikerspopulatie, dan kunt u ook een kijkje nemen bij de heatmap functionaliteit. |
- | gebruikerspopulatie, dan kunt u ook een kijkje nemen bij de heatmap functionaliteit. | + | |
- | Kleurcorrecties. | + | ==== Kleurcorrecties ==== |
- | De standaard PMA.UI representatie in PMA.core weergeeft een kleurencorrectie widget in de rechter bovenhoek | + | |
+ | De standaard PMA.UI representatie in PMA.core weergeeft een kleurencorrectie widget in de rechter bovenhoek van de viewport. | ||
+ | |||
+ | {{ ::viewport_color_correction.png?direct&400 |}} | ||
- | van de viewport. | ||
U kunt dit gebruiken om de helderheid, contrastwaarde en gammawaarde te corrigeren. | U kunt dit gebruiken om de helderheid, contrastwaarde en gammawaarde te corrigeren. | ||
- | Fluorescerende content | + | |
+ | ==== Fluorescerende content ==== | ||
Wanneer uw slide één of meer fluorescentie kleurenkanalen bevat, verschijnt er een aparte widget | Wanneer uw slide één of meer fluorescentie kleurenkanalen bevat, verschijnt er een aparte widget | ||
aan de linkerkant van de viewport, zodat u deze vanuit dat punt kunt aanpassen. | aan de linkerkant van de viewport, zodat u deze vanuit dat punt kunt aanpassen. | ||
+ | |||
+ | {{ ::fluo1.png?direct&400 |}} | ||
+ | |||
De namen van de kanalen worden vanuit de originele bestandsindeling gekopieerd, waar mogelijk. | De namen van de kanalen worden vanuit de originele bestandsindeling gekopieerd, waar mogelijk. | ||
U kunt het zichtbaarheidsbereik van elk kanaal individueel aanpassen via de scrollbar onder elk | U kunt het zichtbaarheidsbereik van elk kanaal individueel aanpassen via de scrollbar onder elk | ||
kanaal. | kanaal. | ||
- | Kleurbereiken worden in zowel 8-bit als 16-bit ondersteund. Versie 2.0.0 ondersteunt alleen 8-bitskanalen, waardoor | + | {{ ::fluo2.png?direct&400 |}} |
- | kleuren soms doorlopen. Dit is in versie 2.0.1 en recentere versies verholpen. | + | |
- | Z-stacked content | + | Kleurbereiken worden in zowel 8-bit als 16-bit ondersteund. |
+ | |||
+ | ==== Z-stacked content ==== | ||
Vergelijkbaar met fluorescentie beelden; wanneer een beeld meerdere niveaus / lagen bevat, | Vergelijkbaar met fluorescentie beelden; wanneer een beeld meerdere niveaus / lagen bevat, | ||
verschijnt er automatisch een nieuwe widget aan de linkerkant van de viewport, waarmee eindgebruikers door de verschillende lagen kunnen navigeren. | verschijnt er automatisch een nieuwe widget aan de linkerkant van de viewport, waarmee eindgebruikers door de verschillende lagen kunnen navigeren. | ||
+ | |||
+ | {{ ::viewport_zstack.png?direct&200 |}} | ||
Wij hebben een blogartikel over hoe u een z-stack kunt analyseren om zo een nieuwe beeld samen te stellen | Wij hebben een blogartikel over hoe u een z-stack kunt analyseren om zo een nieuwe beeld samen te stellen | ||
die de scherpste tegel vanuit elke positie van de beeld bevat. | die de scherpste tegel vanuit elke positie van de beeld bevat. | ||
- | |||
- | Beelden manipuleren | ||
- | Volledige Beeld-Afbeeldingen komen in diverse (fysieke) vormen en formaten. Sommige bestandsindelingen (zoals Zeiss | ||
- | (ZVI of Nikon D2) kunnen niet meer dan één (multi-fluorescentie kanaal) snapshot ondersteunen. Andere formats | ||
- | kunnen erg complex zijn en bestaan uit meerdere bestanden en mappenlijsten. | ||
- | Het gaat er uiteindelijk om dat eindgebruikers de volledige beeld-afbeeldingen kunnen manipuleren. Als eindgebruiker | ||
- | wilt u zich geen zorgen hoeven maken over alle bestanden die bijdragen aan uw WSI’s, zeker niet wanneer u | ||
- | een heterogene werkomgeving heeft, waarin beelden uit verschillende scanners komen. | ||
- | Om het hele proces omtrent het manipuleren van WSI’s zo soepel mogelijk te laten lopen, biedt PMA.core | ||
- | beeld-bewegingen en kopie-operaties als onderdeel van de gebruikersinterface. | ||
- | U hoeft enkel aan te geven welk deel van de beeld u wilt overzetten en waar u dit naartoe wilt overzetten. | ||
- | PMA.core doet achter de schermen de rest en zorgt ervoor dat de volledige slide voor u wordt verplaatst, | ||
- | ongeacht of dit één bestand of meerdere bestanden is. | ||