===== Die Pathomation ANNotation-Schnittstelle =====

PMANN ist ein Teil [[de:interfacing_the_server_from_3rd_party_software|der Pathomation back-end API]] die den Umgang mit heterogenen (externen) [[de:working_with_annotations|Annotationen]] erleichtert.

PMA.core kann die Verwendung von PMANN über die Schnittstelle für externe Dateien und die damit verbundenen API-Aufrufe nutzen. Diese API-Aufrufe verknüpfen eine Reihe von Dateien mit bekannten Drittanbieter-Annotationen mit einer Folie. PMA.core unterstützt Anmerkungen von Drittanbietern der folgenden Hersteller: Visiopharm, Indica Labs und Aperio. Jedes dieser Formate wird durch Parsen der jeweiligen herstellerspezifischen Datei unterstützt:
  * Visiopharm . mld
  * Indica Labs . Anmerkungen
  * Aperio . xml

Um externe Dateien mit einer Folie zu verknüpfen, müssen Sie den API-Aufruf [[https://docs.pathomation.com/pma.core.api/#/Api/Slide_SetExternalAnnotationFiles|SetExternalAnnotationFiles]]. Dieser nimmt ein Array von Tupeln entgegen, das den Namen und den Pfad für jede verknüpfte Anmerkungsdatei eines Drittanbieters enthält. Für Name kann ein beliebiger Text zur Unterscheidung von anderen Anmerkungen verwendet werden und der Pfad muss ein virtueller Pfad zu der Datei sein, die die Anmerkungen enthält. Sie können die zuvor festgelegten externen Anmerkungsdateien für eine Folie über den [[https://docs.pathomation.com/pma.core.api/#/Api/Slide_GetExternalAnnotationFiles|GetExternalAnnotationFiles]] API-Aufruf abrufen, der das Array von Name/Pfad-Tupeln für jede mit einer Folie verbundene Datei zurückgibt

==== Beispiel ====

Angenommen, wir haben eine Folie mit dem Namen Slide.mrxs, an die wir zwei separate Anmerkungsdateien aus Drittanbieterquellen anhängen möchten, und die beiden Dateien befinden sich im virtuellen Verzeichnis mit dem Namen Slides
  * Dia1.mld
  * Dia1.xml

Die erste Datei enthält einige Zellzählungsinformationen und die zweite Datei enthält einige interessierende Regionen, so dass wir sie zur leichteren Unterscheidung danach benennen wollen, wobei zu beachten ist, dass der Name einer externen Datei dem Benutzer auf allen Viewer-Produkten der Pathomation-Plattform angezeigt wird. 

Wir rufen also die [[https://docs.pathomation.com/pma.core.api/#/Api/Slide_SetExternalAnnotationFiles|SetExternalAnnotationFiles]] API mit Query-String-Parametern auf

    ? pathOrUid=Slides/Slide1.mrxs&sessionId={sessionId}


    [
      {
        "Name": "Cell counting",
        "Path": "Slides/Slide1.mld"
      },
      {
        "Name": "Regions of interest",
        "Path": "Slides/Slide1.xmls"
      }
    ]

Um zu testen, dass alles funktioniert hat, können wir die [[https://docs.pathomation.com/pma.core.api/#/Api/Slide_GetExternalAnnotationFiles|GetExternalAnnotationFiles]] verwenden, die das gleiche json als Ergebnis zurückgeben sollte.

Jetzt können wir die externen Anmerkungen mit einem beliebigen Pathomation Platform Viewer wie PMA.studio sehen. Wir können auch die Sichtbarkeit und Deckkraft für jede Ebene unabhängig einstellen

{{ ::pma.core_externaljpg.jpg?600 |}}