===== L'interface Pathomation ANNotation =====

PMANN est une partie de [[fr:interfacing_the_server_from_3rd_party_software|l'API back-end de Pathomation]] qui facilite la gestion des [[fr:working_with_annotations|annotations hétérogènes]] (externes).

PMA.core peut tirer parti de l'utilisation de PMANN via l'interface External Files et les appels API associés. Ces appels d'API associent à une diapositive un certain nombre de fichiers contenant toutes les annotations connues de tiers.
PMA.core prend en charge les annotations tierces des fournisseurs suivants : Visiopharm, Indica Labs et Aperio. Chacun de ces formats est pris en charge par l'analyse du fichier spécifique du fournisseur respectif :
  * Visiopharm .mld
  * Indica Labs .annotations
  * Aperio .xml

Pour associer des fichiers externes à une diapositive, vous devez utiliser l'appel API 
[[https://docs.pathomation.com/pma.core.api/#/Api/Slide_SetExternalAnnotationFiles|SetExternalAnnotationFiles]]. Il s'agit d'un tableau de tuples contenant //le nom// et //le chemin// d'accès de chaque fichier d'annotations tiers associé.

Pour //le nom//, vous pouvez utiliser n'importe quel texte pour vous différencier des autres annotations et //le chemin// doit être un chemin virtuel vers le fichier contenant les annotations. Vous pouvez obtenir les fichiers d'annotations externes précédemment définis pour une diapositive via la fonction d’appel de l’API [[https://docs.pathomation.com/pma.core.api/#/Api/Slide_GetExternalAnnotationFiles|GetExternalAnnotationFiles]], qui renvoie le tableau des tuples //Nom/Path//pour chaque fichier associé à une diapositive

==== Exemple ====

Supposons que nous ayons une diapositive appelée Slide.mrxs à laquelle nous voulons joindre 2 fichiers d'annotation distincts provenant de sources tierces, et que les deux fichiers se trouvent dans le répertoire virtuel appelé //Slides//
  * Slide1.mld
  * Diapositive1.xml

Le premier fichier contient des informations de comptage de cellules et le second fichier contient des régions d'intérêt. Le premier fichier contient des informations sur le comptage des cellules et le second fichier contient des régions d'intérêt. Nous voulons donc les nommer en fonction de ces informations afin de les distinguer plus facilement.

Nous appelons donc l’API [[https://docs.pathomation.com/pma.core.api/#/Api/Slide_SetExternalAnnotationFiles|SetExternalAnnotationFiles]] avec les paramètres d'interrogation string

    ?pathOrUid=Slides/Slide1.mrxs&sessionId={sessionId}

et avec les données json suivantes dans le corps du message 
    [
      {
        "Name": "Cell counting",
        "Path": "Slides/Slide1.mld"
      },
      {
        "Name": "Regions of interest",
        "Path": "Slides/Slide1.xmls"
      }
    ]
    
Pour vérifier que tout a fonctionné, nous pouvons utiliser l'option [[https://docs.pathomation.com/pma.core.api/#/Api/Slide_GetExternalAnnotationFiles|GetExternalAnnotationFiles]] qui devrait retourner le même json comme résultat.

Nous pouvons maintenant voir l'annotation externe à l'aide de n'importe quel visualiseur de la plateforme Pathomation comme PMA.studio. Nous pouvons également ajuster la visibilité et l'opacité de chaque couche indépendamment.

{{ ::pma.core_externaljpg.jpg?600 |}}