====== Whole slide images และ สไลด์เสมือน ======


PMA.core รองรับเทคนิคและรูปแบบการจับภาพที่หลากหลาย

รายการฉบับเต็มสำหรับรูปแบบที่รองรับในปัจจุบันสามารถดูได้จากเว็บไซต์ของเราที่ 
[[https://www.pathomation.com/formats]]

คุณสามารถอ่านเพิ่มเติมเกี่ยวกับหลักการของเราเกี่ยวกับรูปแบบไฟล์เฉพาะผู้ขายที่รองรับได้ที่ พื้นที่ข่าวประชาสัมพันธ์ของเรา
บทนำเกี่ยวกับ ประเด็น รูปแบบของไฟล์ในพยาธิวิทยาดิจิทัลสามารถอ่านได้ที่ พอดคาสต์พยาธิวิทยาดิจิทัลวันนี้

===== ไบรท์ฟิลด์ =====

{{::format_brightfield.png?nolink&200 |}}

เครื่องอ่านสไลด์ของ PMA.core รองรับรูปแบบไฟล์ของแต่ละผู้จำหน่ายมากกว่า 35 แบบที่แตกต่างกัน ซึ่งใช้ในการบรรจุข้อมูลจากกล้องจุลทรรศน์แบบไบรท์ฟิลด์ เรานำเสนอรูปแบบของคอมมิวนิตี้แบบโอเพนซอร์สที่หลากหลาย ([[https://www.openmicroscopy.org/|OMERO TIFF & ZARR]], [[https://www.dicomstandard.org/|DICOM]], …), ตลอดจนมรดกตกทอดอย่าง Olympus Webview

รายการอัปเดตทั้งหมดมีอยู่ในเว็บไซต์ของเราที่ https://www.pathomation.com/formats.

===== ฟลูออเรสเซนต์ =====

{{::format_fluo.png?nolink&200 |}}

DAPI, Cy3, Cy5, … หากคำเหล่านี้ฟังดูคุ้นหู แสดงว่าคุณกำลังใช้งานกล้องจุลทรรศน์แบบหลอดฟลูออเรสเซนต์ เราได้ทำงานร่วมกับผู้จำหน่ายหลายรายตลอดหลายปีที่ผ่านมาเพื่อรองรับรูปแบบการถ่ายภาพนี้ให้ได้อย่างเหมาะสมที่สุด โดยคุณสามารถสลับแต่ละช่องได้โดยตรงใน PMA.core และทำการตัดฮิสโตแกรมตามที่คุณต้องการได้ 
แอปพลิเคชันปลายทางขั้นสูง (ที่ทำงานบน PMA.core) เช่น PMA.studio ยังสามารถแสดงภาพฮิสโตแกรมของแต่ละช่องให้คุณได้ โดยเพิ่มการแก้ไขรังสีแกมมาต่อช่องเพิ่ม
รายการรูปแบบไฟล์ฟลูออเรสเซนต์ในปัจจุบันที่รองรับมีอยู่ในเว็บไซต์ของเราที่ 
https://www.pathomation.com/formats.

===== การซ้อนโฟกัส =====

{{:format_zstack.png?nolink&200 |}}

ทั้งสไลด์แบบไบรท์ฟิลด์และฟลูออเรสเซนต์มักถูกสร้างขึ้นจาก บล็อกตัดชิ้นเนื้อ (ไมโครโตม) ซึ่งส่งผลให้มีพื้นผิวแบนเรียบ อย่างไรก็ตาม เมื่อ [[https://en.wikipedia.org/wiki/Microtome|ทำงานร่วมกับตัวอย่างของเซลล์วิทยา]], หรือการใช้กล้องจุลทรรศน์ในงานวิจัยพืชผล ซึ่งมักจะเป็นกรณีนี้เสมอในปัจจุบัน รอยและวัตถุที่คล้ายคลึงกันมักจะถูกจับภาพผ่านการซ้อนโฟกัส โดยที่ [[https://en.wikipedia.org/wiki/Cytopathology|ตัวอย่างจะถูกตัดขวางขนาดหนึ่งหรือสองไมครอนในแต่ละขั้น]] 
รายการรูปแบบการซ้อนโฟกัส (z-stacking)  ล่าสุดที่รองรับโดย PMA.core มีอยู่ในเว็บไซต์ของเราที่ 
https://www.pathomation.com/formats.


===== อนุกรมเวลา =====

{{::format_time_series.png?nolink&200 |}}

สมมติว่าคุณต้องการสังเกตการเพาะเลี้ยงเซลล์หรือการพัฒนาของตัวอ่อนในช่วงระยะเวลา 24 ชั่วโมง ผู้ผลิตบางรายจะอนุญาตให้รวบรวมข้อมูลทั้งหมดจากช่วงเวลานั้นในคอนเทนเนอร์เดียว (สามารถใช้ร่วมกับข้อมูลในมิติอื่นๆเช่นที่กล่าวไว้ข้างต้น) เราได้เพิ่มการรองรับข้อมูลแบบอนุกรมเวลาในเร็วๆนี้ แต่เรายังมีชุดข้อมูลสำหรับอ้างอิงจำนวนไม่มาก ดังนั้นหากคุณมีการใช้งานในกรณีเหล่านี้ [[https://www.pathomation.com/contact|บอกให้เรารู้]] จากนั้นเราจะทำงานร่วมกับคุณเพื่อค้นหาวิธีที่ดีที่สุดในการนำเสนอเนื้อหาเหล่านี้และส่งเสริมโครงการ (วิจัย) ของคุณ 

===== รูปแบบของคำอธิบายประกอบ =====


เพราะว่ารูปภาพสามารถอธิบายได้ดีกว่าคำพูด สไลด์มักจะมีคำอธิบายประกอบ และนี่คือตัวอย่างบางส่วน: 

  * ผู้สอนต้องการดึงความสนใจของนักเรียนไปยังพื้นที่เฉพาะบนสไลด์โดยการวาดลูกศรด้วยสีต่างๆ 
  * CRO มีนักพยาธิวิทยาในการใส่คำอธิบายประกอบสไลด์ สำหรับเนื้อเยื่อบางประเภท เช่น เนื้อเยื่อที่เป็นเนื้อตายหรือเนื้องอก โดยที่นักพยาธิวิทยาจะใส่ตามโทนสีที่กำหนดไว้ล่วงหน้า
  * บริษัทยาใช้เครื่องมือวิเคราะห์รูปภาพประเภทต่างๆ  (AI/ML/DL) เพื่อสร้างคำอธิบายประกอบในชั้นต่างๆที่ต้องใช้การบูรณาการสำหรับศึกษาและเปรียบเทียบเพิ่มเติม 

พยาธิวิทยาของ PMA.core สามารถแยกแยะระหว่างคำอธิบายประกอบสามประเภทที่แตกต่างกัน:


^ คำอธิบายประกอบ ^ ตัวอย่างรูปแบบ ^ที่สามารถอ่านได้ ^ ที่เขียนได้ ^
| Native     | MRXS, NDPI(A), SVS              | ใช่ | ไม่ |
| PMA.core     | WKT              | ใช่       | ใช่ |
| Third-party     | MLD, XML              | ใช่       | ไม่ |


ข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับ [[https://realdata.pathomation.com/annotations-et-al/|คำอธิบายประกอบประเภทต่างๆและวิธีจัดการคำอธิบายประกอบในแพลตฟอร์มพยาธิวิทยา]] สามารถอ่านได้ใน [[https://realdata.pathomation.com/annotations-et-al/|บทความบล็อก]] ของเรา

===== แบบฟอร์มและข้อมูลเมตา =====


การรายงานใจความสำคัญอย่างยอดเยี่ยมเพื่อจัดโครงสร้างของข้อมูลที่ไม่เคยทำมาก่อน 
ตัวอย่าง: แทนที่จะให้นักพยาธิวิทยาเขียนรายงานว่าเนื้อเยื่อของผู้ป่วยแสดงสัญญาณของกลุ่มเซลล์ที่มีการเพิ่มจำนวนอย่างผิดปกติ พวกเขาจะต้องกรอกแบบฟอร์มพร้อมช่องทำเครื่องหมายสำหรับ "พบเนื้อเยื่อของเนื้องอก" ก่อน
PMA.core รองรับการเก็บข้อมูลเหล่านี้และความสามารถในการสร้างแบบฟอร์ม สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม กรุณาดูที่ ส่วนเฉพาะในวิกิฉบับนี้
แน่นอนว่า PMA.core ไม่ใช่เจ้าเดียวในโลกที่มีความสามารถนี้ เราตระหนักและให้ทางเลือกในการผสานรวมข้อมูลเมตาจากบุคคลภายนอกเข้ากับ PMA.core ด้วยเช่นกัน สำหรับข้อมูลเพิ่มเติมในหัวข้อนี้ กรุณาไปที่ บทความบล็อกของเรา

===== เบ็ดเตล็ด =====

==== Microsoft Excel และ CSV ====

{{::export_to_excel_2.png?200 |}}
ใน PMA.core, ข้อมูลจำนวนมากถูกแสดงในรูปแบบของรายการ: ผู้ใช้งาน, สไลด์, รูปแบบ … 

ไม่ว่าเราจะขยายรายการอินเตอร์เฟซเหล่านี้มากเพียงใด มันก็จะมีช่วงเวลาที่คุณคิดว่า “ถ้าหากฉันสามารถเปลี่ยนรูปแบบใหม่ได้เป็น _แบบนี้_ หรือถ้าหากฉันสามารถส่ง _แบบนั้น_ ไปให้คนอื่น …” 

การเรียกดูส่วนใหญ่ใน PMA.core จึงมีปุ่มสำหรับสร้างไฟล์เอ็กเซลที่มุมขวาบน เพื่อให้คุณสร้างรายการข้อมูลในปัจจุบัน กรุณาลองใช้งานฟังก์ชันนี้และถ้าหากคุณไม่พบสิ่งที่คุณกำลังมองหา [[https://www.pathomation.com/contact|บอกให้เรารู้]] เพื่อให้เราแก้ไขในเวอร์ชันถัดไป (มันอาจจะไม่เกิดขึ้น; เรายังคงต้องประเมินว่าคำขอของคุณจะทำให้ส่วนต่อขยายเป็นฟีเจอร์ที่มีประโยชน์ต่อฐานผู้ใช้งานทั้งหมดของเราหรือไม่)


==== ตัวแปลงสัญญาณที่รองรับสำหรับ WSI ====


คำว่า Codec เป็นการรวมของคำหน้าสองคำระหว่าง “coder” และ “decoder” กลายเป็นคำที่ใช้โดยทั่วไป “codec” หรือตัวแปลงสัญญาณ [[https://en.wikipedia.org/wiki/Codec|คิดว่ามันคือตัวเข้ารหัสและตัวแปลงรหัส]]

การเข้ารหัสและการแปลงรหัสนั้นจำเป็นสำหรับการแปลงพิกเซลเป็นข้อมูลบิต และ ROI ที่สามารถส่งสัญญาณและแปลได้

ปัจจุบัน PMA.core รองรับตัวแปลงสัญญาณและมาตรฐานการเข้ารหัสข้อมูลต่อไปนี้:
  * Blosc
  * BMP
  * Deflate
  * iSyntax
  * JPEG
  * JPEG2000
  * JPEGXR
  * lossless
  * LZW
  * PNG
  * RLE
สามารถดูข้อมูลเพิ่มเติมและข้อมูลล่าสุดเกี่ยวกับวิธีการนำไปใช้กับรูปแบบไฟล์เฉพาะได้ที่ เว็บไซต์ของเรา

==== การแก้ปัญหา ====


ดูที่ ส่วนแยกของเรา