nl:working_with_annotations
Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
| Next revision | Previous revision | ||
|
nl:working_with_annotations [2022/10/11 23:03] yves created |
nl:working_with_annotations [2022/11/10 14:17] (current) yves |
||
|---|---|---|---|
| Line 1: | Line 1: | ||
| - | Met annotaties werken | + | ===== Met annotaties werken ===== |
| PMA.core ondersteunt drie soorten annotaties: PMA.core annotaties, interne annotaties en annotaties van derden. | PMA.core ondersteunt drie soorten annotaties: PMA.core annotaties, interne annotaties en annotaties van derden. | ||
| - | Annotatietype Bron Format Lezen/Schrijven | + | ^Annotatietype ^ Bron ^ Format ^ Lezen/Schrijven ^ |
| - | Pathomation PMA.studio; SDK WKT Read/write | + | |Pathomation| PMA.studio; SDK | WKT | Read/write | |
| - | Interne Leverancier-afhankelijke viewer; Pannoramic | + | |Intern | Leverancier-afhankelijke viewer; Pannoramic viewer; ImageScope|Ingebouwd in het leveranciersbestand format |Alleen-Lezen| |
| - | viewer; ImageScope | + | |Van derden |Indica Labs HALO; Definiens; Visiopharm|.Annotation XML; .XML; .MLD (binair) |Alleen-Lezen| |
| - | Ingebouwd in het leveranciersbestand | + | |
| - | format Alleen-Lezen | + | ==== Interne opslag ==== |
| - | Van derden Indica Labs HALO; Definiens; | + | |
| - | Visiopharm | + | |
| - | .Annotation XML; .XML; .MLD | + | |
| - | (binair) Alleen-Lezen | + | |
| - | Interne opslag | + | |
| PMA.core gebruikt een eigen, interne indeling met de volgende structuur: | PMA.core gebruikt een eigen, interne indeling met de volgende structuur: | ||
| - | Geometrie: gebaseerd op WKT (Well-known text). Ondersteunt de volgende vormen: Polygon, Linestring, | + | * Geometrie: gebaseerd op WKT (Well-known text). Ondersteunt de volgende vormen: Polygon, Linestring, |
| Point en Multipoint | Point en Multipoint | ||
| - | Kleur: de kleur van de omtrek in HTML-format | + | * Kleur: de kleur van de omtrek in HTML-format |
| - | Invulkleur: de invulkleur (indien van toepassing) die alleen van toepassing is op gesloten vormen zoals polygon | + | * Invulkleur: de invulkleur (indien van toepassing) die alleen van toepassing is op gesloten vormen zoals polygon |
| - | Classificatie: Een tekst die de classificatie van een annotaties specificeert, zoals tumor, necrose, etc. | + | * Classificatie: Een tekst die de classificatie van een annotaties specificeert, zoals tumor, necrose, etc. |
| - | Notities: Vrije tekstnotities en extra informatie die u voor elke annotatie wilt bewaren. | + | * Notities: Vrije tekstnotities en extra informatie die u voor elke annotatie wilt bewaren. |
| - | PMA.core ondersteunt annotaties van derden van de volgende leveranciers Visiopharm, Indica Labs en | + | |
| - | Aperio. Elk van deze formats wordt ondersteunt door het overeenkomende, leverancier afhankelijke bestand te parseren: | + | PMA.core ondersteunt annotaties van derden van de volgende leveranciers Visiopharm, Indica Labs en Aperio. Elk van deze formats wordt ondersteunt door het overeenkomende, leverancier afhankelijke bestand te parseren: |
| - | Visiopharm .mld | + | * Visiopharm .mld |
| - | Indica Labs .annotations | + | * Indica Labs .annotations |
| - | Aperio .xml | + | * Aperio .xml |
| - | Creëren en opslaan | + | |
| - | PMA.core annotaties | + | ==== Creëren en opslaan ==== |
| + | |||
| + | === PMA.core annotaties === | ||
| Voor het lezen van de PMA.core annotaties van een beeld, kunt u de API call GetAnnotations gebruiken, waarmee u alle PMA.core annotaties in json-format ontvangt. | Voor het lezen van de PMA.core annotaties van een beeld, kunt u de API call GetAnnotations gebruiken, waarmee u alle PMA.core annotaties in json-format ontvangt. | ||
| Line 33: | Line 32: | ||
| functionaliteit om de lengte en/of het oppervlak te krijgen voor reeds opgeslagen annotaties via de | functionaliteit om de lengte en/of het oppervlak te krijgen voor reeds opgeslagen annotaties via de | ||
| GetAnnotationDistance en GetAnnotationSurfaceArea API calls. | GetAnnotationDistance en GetAnnotationSurfaceArea API calls. | ||
| - | Annotaties van derden | + | |
| + | === Annotaties van derden === | ||
| PMA.core kan gebruik maken van annotaties van derden via de Externe Bestanden interface en de | PMA.core kan gebruik maken van annotaties van derden via de Externe Bestanden interface en de | ||
| overeenkomende API calls. Deze API associeert een aantal bestanden die bekende annotaties van derden | overeenkomende API calls. Deze API associeert een aantal bestanden die bekende annotaties van derden | ||
| bevatten met een beeld (zie vorige paragraaf). Om externe bestanden te associëren met een beeld, zult u | bevatten met een beeld (zie vorige paragraaf). Om externe bestanden te associëren met een beeld, zult u | ||
| - | gebruik moeten maken van de API call SetExternalAnnotationFiles. Hierbij wordt gebruik gemaakt van een breed scala aan tuples die de naam en het | + | gebruik moeten maken van de API call SetExternalAnnotationFiles. Hierbij wordt gebruik gemaakt van een breed scala aan tuples die de naam en het pad voor elk geannoteerd annotatiebestand van derde partijen bevatten. Voor de naam kunt u iedere tekst gebruiken om te differentiëren tussen andere annotaties en het Pad dient een virtueel pad te zijn naar het bestand dat de annotaties bevat. |
| - | pad voor elk geannoteerd annotatiebestand van derde partijen bevatten. Voor de naam kunt u iedere tekst gebruiken om te differentiëren | + | |
| - | tussen andere annotaties en het Pad dient een virtueel pad te zijn naar het bestand dat de annotaties bevat. | + | U kunt de vorige set van externe annotatiebestanden over een beeld verkrijgen door gebruik te maken van de GetExternalAnnotationFiles API call, waarmee diverse Naam/Pad tuples voor elk bestand wordt getoond die zijn geassocieerd met de beeld |
| - | U kunt de vorige set van externe annotatiebestanden over een beeld verkrijgen door gebruik te maken van de GetExternalAnnotationFiles | + | |
| - | API call, waarmee diverse Naam/Pad tuples voor elk bestand wordt getoond die zijn geassocieerd met de beeld | + | ==== Exporteren en formatconversie ==== |
| - | Exporteren en formatconversie | + | |
| PMA.core biedt een zeer krachtige API om alle bekende annotatie-indelingen naar elkaar te exporteren en te converteren, | PMA.core biedt een zeer krachtige API om alle bekende annotatie-indelingen naar elkaar te exporteren en te converteren, | ||
| of dit nu PMA.core annotaties, annotaties van derden of interne annotaties betreft. De API call | of dit nu PMA.core annotaties, annotaties van derden of interne annotaties betreft. De API call | ||
| Line 51: | Line 52: | ||
| perfect mogelijk te converteren, maar sommige vormen zijn simpelweg niet verenigbaar met vormen in andere formats. Indien de bron- en doelformats | perfect mogelijk te converteren, maar sommige vormen zijn simpelweg niet verenigbaar met vormen in andere formats. Indien de bron- en doelformats | ||
| hetzelfde zijn, voert PMA.core geen enkele vorm van conversie uit; u ontvang simpelweg het originele bestand. | hetzelfde zijn, voert PMA.core geen enkele vorm van conversie uit; u ontvang simpelweg het originele bestand. | ||
| - | Meer achtergronden | + | |
| + | ==== Meer achtergrond ==== | ||
| Wist u dat PMA.core eigenlijk een geweldige tool is voor het integreren van verschillende annotaties vanuit | Wist u dat PMA.core eigenlijk een geweldige tool is voor het integreren van verschillende annotaties vanuit | ||
| verschillende bronnen? Kijk voor een uitgebreidere achtergrond op de Pathomation ANNotation subset van | verschillende bronnen? Kijk voor een uitgebreidere achtergrond op de Pathomation ANNotation subset van | ||
| functionaliteiten in de API. | functionaliteiten in de API. | ||
| - | Wij hebben een blogartikel over annotaties en hoe u hiermee om kunt gaan, niet alleen in PMA.core, maar | + | Wij hebben [[https://realdata.pathomation.com/annotations-et-al/|een blogartikel over annotaties]] en hoe u hiermee om kunt gaan, niet alleen in PMA.core, maar over het gehele Pathomation softwareplatform. |
| - | over het gehele Pathomation softwareplatform. | + | |
nl/working_with_annotations.1665518596.txt.gz · Last modified: 2022/10/11 23:03 by yves
