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Travailler avec des annotations
PMA.core supporte trois types d'annotations : annotations PMA.core, annotations natives et annotations de tiers.
| Type d'annotation | Origine | Format | Lecture/Ecriture |
|---|---|---|---|
| Pathomation | PMA.studio ; SDK | WKT | Read/Write |
| Visionneuse native | spécifique au fournisseur ; Pannoramic ; ImageScope | Incorporé dans le fichier du fournisseur | En lecture seule |
| Tiers | Indica Labs HALO ; Definiens ; Visiopharm | .Annotation XML ; .XML ; .MLD (binaire) | En lecture seule |
Stockage interne
PMA.core utilise son propre format interne avec la structure suivante :
- Géométrie : basé sur WKT (Well-known text). Supporte les formes suivantes : Polygone, Linestring,
Point et Multipoint
- Color : la couleur du contour au format html
- Couleur de remplissage : la couleur de remplissage (le cas échéant), uniquement valable pour les formes fermées comme les polygones.
- Classification : Un texte spécifiant la classification d'une annotation comme tumeur, nécrose, etc.
- Notes : Notes en texte libre et informations supplémentaires que vous souhaitez stocker pour chaque annotation.
PMA.core supporte les annotations tierces des fournisseurs suivants : Visiopharm, Indica Labs et Aperio. Chacun de ces formats est pris en charge par l'analyse du fichier spécifique du fournisseur :
- Visiopharm .mld
- Indica Labs .annotations
- Aperio .xml
Création et sauvegarde
Annotation PMA.core
Pour lire les annotations PMA.core pour une diapositive, vous pouvez utiliser l'appel API GetAnnotations, qui renvoie toutes les annotations PMA.core au format json.
Toutes les autres fonctionnalités des annotations PMA.core sont fournies par l'appel API SaveAnnotations. Cet appel peut créer, mettre à jour et supprimer de nombreuses annotations en un seul appel API. PMA.core fournit également la fonctionnalité pour obtenir la longueur et/ou la surface des annotations déjà sauvegardées via les appels API GetAnnotationDistance et GetAnnotationSurfaceArea.
Annotations tierces
PMA.core peut exploiter l'utilisation d'annotations tierces via l'interface External Files et les appels API associés. Ces API associent à une diapositive un certain nombre de fichiers contenant des annotations connues de tiers (voir paragraphe précédent). Pour associer des fichiers externes à une diapositive, vous devez utiliser l'appel API SetExternalAnnotationFiles. Cet appel prend un tableau de tuples contenant le nom et le chemin d'accès de chaque annotation tierce partie associée. Pour le nom, vous pouvez utiliser n'importe quel texte pour vous différencier des autres annotations et le chemin doit être un chemin virtuel vers le fichier contenant les annotations. Vous pouvez obtenir les fichiers d'annotations externes précédemment définis pour une diapositive via l'appel API GetExternalAnnotationFilesqui renvoie le tableau des tuples Nom/Path pour chaque fichier associé à une diapositive.
Exportation et conversion de format
PMA.core fournit une API très puissante pour exporter et convertir tous les formats d'annotations connus entre eux qu'il s'agisse d'annotations PMA.core, d'annotations de tiers ou d'annotations natives. L'appel API ExportAnnotations peut convertir toute source d'annotations connue (annotations PMA.core, Native Visiopharm, Indica Labs, Aperio) vers chacun des formats tiers (Visiopharm, Indica, Labs, Aperio). Cet appel prend également en charge deux autres formats très utiles pour une utilisation en dehors de PMA.core, à savoir les formats CSV et WKT (Well-Known text). PMA.core essaiera de convertir chaque format le plus parfaitement possible mais certaines formes ne sont pas compatibles avec les formes des autres formats. Si les formats source et destination sont les mêmes, PMA.core n'effectuera aucune conversion, il produira le fichier original.
Plus d'informations sur le contexte
Saviez-vous que PMA.core est en fait un excellent outil pour intégrer différentes annotations provenant de différentes sources ? Pour plus d'informations, jetez un coup d'œil au sous-ensemble Pathomation ANNotation de la fonction de l'API.
Nous avons un article de blog sur les annotations et la façon de les gérer, non seulement dans PMA.core, mais aussi dans toute la plateforme logicielle Pathomation.