This shows you the differences between two versions of the page.
Both sides previous revision Previous revision | |||
nl:pmann [2022/10/11 23:25] yves |
nl:pmann [2022/10/13 10:44] (current) yves |
||
---|---|---|---|
Line 1: | Line 1: | ||
===== De Pathomation ANNotatie interface ===== | ===== De Pathomation ANNotatie interface ===== | ||
+ | |||
PMANN is onderdeel van de Pathomation backend API, welke het eenvoudiger maakt om heterogene | PMANN is onderdeel van de Pathomation backend API, welke het eenvoudiger maakt om heterogene | ||
(externe) annotaties te beheren. | (externe) annotaties te beheren. | ||
+ | |||
PMA.core kan gebruik maken van PMANN via de Externe Bestanden interface en de overeenkomende API calls. | PMA.core kan gebruik maken van PMANN via de Externe Bestanden interface en de overeenkomende API calls. | ||
Deze API calls associëren een aantal bestanden die bekende annotaties van derden bevatten met een beeld. | Deze API calls associëren een aantal bestanden die bekende annotaties van derden bevatten met een beeld. | ||
PMA.core ondersteunt annotaties van derden van de volgende leveranciers Visiopharm, Indica Labs en | PMA.core ondersteunt annotaties van derden van de volgende leveranciers Visiopharm, Indica Labs en | ||
Aperio. Elk van deze formats wordt ondersteunt door het overeenkomende, leverancier afhankelijke bestand te parseren: | Aperio. Elk van deze formats wordt ondersteunt door het overeenkomende, leverancier afhankelijke bestand te parseren: | ||
- | Visiopharm .mld | + | * Visiopharm .mld |
- | Indica Labs .annotations | + | * Indica Labs .annotations |
- | Aperio .xml | + | * Aperio .xml |
- | Om externe bestanden te associëren met een beeld, zult u gebruik moeten van de API Call SetExternalAnnotationFiles. Dit | + | |
+ | Om externe bestanden te associëren met een beeld, zult u gebruik moeten van de API Call [[https://docs.pathomation.com/pma.core.api/#/Api/Slide_SetExternalAnnotationFiles|SetExternalAnnotationFiles]]. Dit | ||
vergt een breed scala aan tuples die de Naam en het Pad voor elk geassocieerd annotatiebestand van derden bevatten. | vergt een breed scala aan tuples die de Naam en het Pad voor elk geassocieerd annotatiebestand van derden bevatten. | ||
Voor de Naam kunt u iedere tekst gebruiken om te differentiëren tussen andere annotaties en voor het Pad heeft u een | Voor de Naam kunt u iedere tekst gebruiken om te differentiëren tussen andere annotaties en voor het Pad heeft u een | ||
Line 15: | Line 18: | ||
van een beeld verkrijgen met behulp van de GetExternalAnnotationFiles API call, welke de verscheidene Naam/Pad | van een beeld verkrijgen met behulp van de GetExternalAnnotationFiles API call, welke de verscheidene Naam/Pad | ||
tuples weergeeft die zijn geassocieerd met de beeld. | tuples weergeeft die zijn geassocieerd met de beeld. | ||
- | Voorbeeld | + | |
+ | ==== Voorbeeld ==== | ||
Stel dat wij een beeld hebben die Slide.mrxs heet en die wij willen verbinden aan twee verschillende annotatiebestanden | Stel dat wij een beeld hebben die Slide.mrxs heet en die wij willen verbinden aan twee verschillende annotatiebestanden | ||
van derden. De twee bestanden bevinden zich in de virtuele map genaamd Slides | van derden. De twee bestanden bevinden zich in de virtuele map genaamd Slides | ||
- | Slide1.mld | + | * Slide1.mld |
- | Slide1.xml | + | * Slide1.xml |
Het eerste bestand bevat wat informatie over de celaantallen en het tweede bestand bevat enkele interessegebieden, | Het eerste bestand bevat wat informatie over de celaantallen en het tweede bestand bevat enkele interessegebieden, | ||
dus willen we deze een naam geven om ze eenvoudiger te onderscheiden. Houd er rekening mee dat de naam van het | dus willen we deze een naam geven om ze eenvoudiger te onderscheiden. Houd er rekening mee dat de naam van het | ||
Line 26: | Line 32: | ||
?pathOrUid=Slides/Slide1.mrxs&sessionId={sessionId} | ?pathOrUid=Slides/Slide1.mrxs&sessionId={sessionId} | ||
en met de volgende json-data in de body | en met de volgende json-data in de body | ||
+ | |||
[ | [ | ||
{ | { | ||
Line 36: | Line 43: | ||
} | } | ||
] | ] | ||
+ | |||
Om te testen of alles werkt, kunnen wij gebruik maken van GetExternalAnnotationFiles, waarmee we dezelfde | Om te testen of alles werkt, kunnen wij gebruik maken van GetExternalAnnotationFiles, waarmee we dezelfde | ||
json zouden moeten ontvangen. | json zouden moeten ontvangen. | ||
+ | |||
We kunnen nu de externe annotaties bekijken door middel van een Pathomation Platform weergave zoals PMA.studio. We | We kunnen nu de externe annotaties bekijken door middel van een Pathomation Platform weergave zoals PMA.studio. We | ||
kunnen ook de zichtbaarheid en opaciteit van elke laag individueel aanpassen | kunnen ook de zichtbaarheid en opaciteit van elke laag individueel aanpassen | ||
+ | {{ ::pma.core_externaljpg.jpg?600 |}} |