PMA.core 3.0.1

PMANN is onderdeel van de Pathomation backend API, welke het eenvoudiger maakt om heterogene (externe) annotaties te beheren.

PMA.core kan gebruik maken van PMANN via de Externe Bestanden interface en de overeenkomende API calls. Deze API calls associëren een aantal bestanden die bekende annotaties van derden bevatten met een beeld. PMA.core ondersteunt annotaties van derden van de volgende leveranciers Visiopharm, Indica Labs en Aperio. Elk van deze formats wordt ondersteunt door het overeenkomende, leverancier afhankelijke bestand te parseren:

• Visiopharm .mld
• Indica Labs .annotations
• Aperio .xml

Om externe bestanden te associëren met een beeld, zult u gebruik moeten van de API Call SetExternalAnnotationFiles. Dit vergt een breed scala aan tuples die de Naam en het Pad voor elk geassocieerd annotatiebestand van derden bevatten. Voor de Naam kunt u iedere tekst gebruiken om te differentiëren tussen andere annotaties en voor het Pad heeft u een virtueel pad naar het bestand nodig waarin de annotaties zich bevinden. U kunt de vorige set externe annotatiebestanden van een beeld verkrijgen met behulp van de GetExternalAnnotationFiles API call, welke de verscheidene Naam/Pad tuples weergeeft die zijn geassocieerd met de beeld.

Stel dat wij een beeld hebben die Slide.mrxs heet en die wij willen verbinden aan twee verschillende annotatiebestanden van derden. De twee bestanden bevinden zich in de virtuele map genaamd Slides

• Slide1.mld
• Slide1.xml

Het eerste bestand bevat wat informatie over de celaantallen en het tweede bestand bevat enkele interessegebieden, dus willen we deze een naam geven om ze eenvoudiger te onderscheiden. Houd er rekening mee dat de naam van het externe bestand aan alle gebruikers en op alle weergaveproducten van het Pathomation platform wordt gepresenteerd. Dus, callen we de SetExternalAnnotationFiles API met de query string paramaters ?pathOrUid=Slides/Slide1.mrxs&sessionId={sessionId} en met de volgende json-data in de body

[ { “Name”: “Cell counting”, “Path”: “Slides/Slide1.mld” }, { “Name”: “Regions of interest”, “Path”: “Slides/Slide1.xmls” } ]

Om te testen of alles werkt, kunnen wij gebruik maken van GetExternalAnnotationFiles, waarmee we dezelfde json zouden moeten ontvangen.

We kunnen nu de externe annotaties bekijken door middel van een Pathomation Platform weergave zoals PMA.studio. We kunnen ook de zichtbaarheid en opaciteit van elke laag individueel aanpassen