PMA.core 3.0.3

Die Speicherung ist in der digitalen Pathologie wichtig. Bilddaten können Gegenstand einer der 3 (oder 5) Vs der Datenwissenschaft sein:

• Vielfalt - Bildgebende Daten in der Pathologie werden bei Biopsien (makroskopische Beobachtungen am Schnittplatz), Hellfeldmikroskopie (hochauflösend), Immunbeobachtungen (mehrere Kanäle) und Z-Stacking erzeugt.
• Volumen - Die aufgezeichneten Bilder sind groß: etwa 100k x 50k Pixel. Manchmal in 16-Bit-RGB-Farbauflösung. Ein einzelnes Präparat kann zwischen 100 MB (z. B. eine Nadelbiopsie) und mehreren GB groß sein (ein solider Tumorschnitt, der mit 40-facher Vergrößerung gescannt wurde).
• Geschwindigkeit - Der Dateneingang ist rasant, da täglich Hunderte von Dias gescannt werden. Dies stellt eine Herausforderung dar, wenn es darum geht, wie viel Zeit Sie für die Vorbehandlung einzelner Dias aufwenden können.

Aus diesen Gründen ist es wichtig, dass die Kachel-Server-Lösung flexibel ist.

PMA.core unterstützt die folgenden Speichermedien:

• lokale Festplatte (denken Sie an die herkömmlichen Laufwerke und Partitionen C: and D:)
• Netzwerkspeicher wie SMB-Freigaben (müssen über UNC \\server\path\to\data routes) zugänglich sein)
• S3-kompatibler Cloud-Speicher (Amazon AWS, Western Digital HGST, NetApp, Arvados, IBM…)
• Microsoft Azure-Speicher
• FTP-Server (ja, den kostenlosen FileZilla File Transfer Protocol-Server gibt es immer noch und er kann jetzt für neue Anwendungen in der digitalen Pathologie genutzt werden!)

Unser Kachelserver führt Stammverzeichnisse ein: virtuelle Einhängepunkte, die auf jeden dieser Speichertypen verweisen können, auf denen Sie Ihre Folien zur Verfügung haben.

Vor allem aber können Sie Ihre Root-Verzeichnisse in einer hybriden Form konfigurieren, wobei ein Teil des Speichers auf herkömmliche Festplatten und ein anderer (vielleicht langfristiger) Speicher auf Cloud-Ressourcen verweist.

Dieses hybride Konfigurationsmodell bedeutet auch, dass Sie im Laufe der Zeit problemlos skalieren können: Sie können mit einer Einrichtung beginnen, bei der Ihre Folien hauptsächlich auf einer (großen) lokalen Festplatte gespeichert sind. Nach einer Weile wechseln Sie dann zum Netzwerkspeicher Ihres Unternehmens. Auch zu einem späteren Zeitpunkt können Sie auf transparente Weise zu einem S3-kompatiblen Cloud-Speicher migrieren. Wenn Sie einen externen Mitarbeiter haben, der vorübergehend seine Diasammlung mit Ihnen teilen möchte, können Sie ihn bitten, einen FTP-Server einzurichten und ein Stammverzeichnis auf diesen zu übertragen.

Root-Verzeichnis-Ressourcen können mit Authentifizierungs- und Impersonationsinformationen versehen sein. Darüber hinaus verfügt PMA.core über eigene Zugriffskontrolllisten, um festzulegen, was Gruppen und einzelne Benutzer sehen und tun können (gemäß dem CRUD-Prinzip).

Einen ausführlichen Blog-Artikel zum Thema Speicherung und Bildverwaltung finden Sie in unserem Blog.