PMA.core 3.0.1

Le stockage est important en pathologie numérique. Les données d'image peuvent être soumises à l'un des 3 (ou 5) V de la science des données:

• Variété - Les données d'imagerie en pathologie sont générées pendant les biopsies (observations macroscopiques sur le poste de coupe), la microscopie à fond clair (haute résolution), les observations immunologiques (canaux multiples) et le z-stacking.
• Volume - Les images enregistrées sont grandes : pensez à 100k x 50k pixels. Parfois en résolution couleur RVB 16 bits . Une lame individuelle peut avoir une taille comprise entre 100 Mo (une biopsie à l'aiguille, par exemple),

ou plusieurs Go (une coupe de tumeur solide scannée à un grossissement de 40X).

• Vélocité - Les données arrivent rapidement, des centaines de lames étant numérisées chaque jour. Cela pose des problèmes en termes de prétraitement et de temps que vous pouvez consacrer à chaque lame.

Pour ces raisons, il est important d'avoir une solution de serveur de tuiles qui soit flexible.

PMA.core prend en charge les supports de stockage suivants :

• disque dur local (pensez à vos lecteurs et partitions C : et D : classiques)
• stockage en réseau comme les partages SMB (doivent être accessibles via des routes UNC \\\server\path\to\data)
• stockage en cloud conforme à S3 (Amazon AWS, Western Digital HGST, NetApp, Arvados, IBM…)
• Serveur FTP de stockage Microsoft Azure (oui, ce serveur gratuit FileZilla File Transfer Protocol existe toujours et peut maintenant être utilisé à de nouvelles fins pour les applications de pathologie numérique).

Notre serveur de tuiles introduit des répertoires racines : des points de montage virtuels qui peuvent pointer vers n'importe lequel de ces types de stockage, où vous avez vos diapositives disponibles.

Plus important encore, vous pouvez configurer vos répertoires racines de manière hybride, avec une partie du stockage pointant vers des disques durs traditionnels, et d'autres (peut-être à long terme) pointant vers des ressources en cloud.

Ce modèle de configuration hybride signifie également que vous pouvez facilement évoluer dans le temps : vous pouvez commencer par une configuration où vos diapositives sont principalement placées sur un (gros) disque dur local. Après un certain temps, vous passez au stockage réseau de votre organisation. Même à un stade ultérieur, vous pouvez migrer de manière transparente vers un stockage en nuage conforme à la norme S3. Lorsqu'un collaborateur externe souhaite partager temporairement sa collection de diapositives avec vous, vous pouvez lui demander de configurer un serveur FTP et de créer un répertoire racine sur ce serveur.

Les ressources du répertoire racine peuvent être associées à des informations d'authentification et d'usurpation d'identité. En outre, PMA.core dispose de ses propres listes de contrôle d'accès pour déterminer ce que les groupes et les utilisateurs individuels peuvent voir et faire (selon le principe CRUD).

Un article de blog complet sur le sujet du stockage et de la gestion des images est disponible sur notre blog.