nl:pmann
Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
| Next revision | Previous revision | ||
|
nl:pmann [2022/10/11 23:17] yves created |
nl:pmann [2022/10/13 10:44] (current) yves |
||
|---|---|---|---|
| Line 1: | Line 1: | ||
| - | De Pathomation ANNotatie interface | + | ===== De Pathomation ANNotatie interface ===== |
| PMANN is onderdeel van de Pathomation backend API, welke het eenvoudiger maakt om heterogene | PMANN is onderdeel van de Pathomation backend API, welke het eenvoudiger maakt om heterogene | ||
| (externe) annotaties te beheren. | (externe) annotaties te beheren. | ||
| + | |||
| PMA.core kan gebruik maken van PMANN via de Externe Bestanden interface en de overeenkomende API calls. | PMA.core kan gebruik maken van PMANN via de Externe Bestanden interface en de overeenkomende API calls. | ||
| Deze API calls associëren een aantal bestanden die bekende annotaties van derden bevatten met een beeld. | Deze API calls associëren een aantal bestanden die bekende annotaties van derden bevatten met een beeld. | ||
| PMA.core ondersteunt annotaties van derden van de volgende leveranciers Visiopharm, Indica Labs en | PMA.core ondersteunt annotaties van derden van de volgende leveranciers Visiopharm, Indica Labs en | ||
| Aperio. Elk van deze formats wordt ondersteunt door het overeenkomende, leverancier afhankelijke bestand te parseren: | Aperio. Elk van deze formats wordt ondersteunt door het overeenkomende, leverancier afhankelijke bestand te parseren: | ||
| - | Visiopharm .mld | + | * Visiopharm .mld |
| - | Indica Labs .annotations | + | * Indica Labs .annotations |
| - | Aperio .xml | + | * Aperio .xml |
| - | Om externe bestanden te associëren met een beeld, zult u gebruik moeten van de API Call SetExternalAnnotationFiles. Dit | + | |
| + | Om externe bestanden te associëren met een beeld, zult u gebruik moeten van de API Call [[https://docs.pathomation.com/pma.core.api/#/Api/Slide_SetExternalAnnotationFiles|SetExternalAnnotationFiles]]. Dit | ||
| vergt een breed scala aan tuples die de Naam en het Pad voor elk geassocieerd annotatiebestand van derden bevatten. | vergt een breed scala aan tuples die de Naam en het Pad voor elk geassocieerd annotatiebestand van derden bevatten. | ||
| Voor de Naam kunt u iedere tekst gebruiken om te differentiëren tussen andere annotaties en voor het Pad heeft u een | Voor de Naam kunt u iedere tekst gebruiken om te differentiëren tussen andere annotaties en voor het Pad heeft u een | ||
| Line 15: | Line 18: | ||
| van een beeld verkrijgen met behulp van de GetExternalAnnotationFiles API call, welke de verscheidene Naam/Pad | van een beeld verkrijgen met behulp van de GetExternalAnnotationFiles API call, welke de verscheidene Naam/Pad | ||
| tuples weergeeft die zijn geassocieerd met de beeld. | tuples weergeeft die zijn geassocieerd met de beeld. | ||
| - | Voorbeeld | + | |
| + | ==== Voorbeeld ==== | ||
| Stel dat wij een beeld hebben die Slide.mrxs heet en die wij willen verbinden aan twee verschillende annotatiebestanden | Stel dat wij een beeld hebben die Slide.mrxs heet en die wij willen verbinden aan twee verschillende annotatiebestanden | ||
| van derden. De twee bestanden bevinden zich in de virtuele map genaamd Slides | van derden. De twee bestanden bevinden zich in de virtuele map genaamd Slides | ||
| - | Slide1.mld | + | * Slide1.mld |
| - | Slide1.xml | + | * Slide1.xml |
| Het eerste bestand bevat wat informatie over de celaantallen en het tweede bestand bevat enkele interessegebieden, | Het eerste bestand bevat wat informatie over de celaantallen en het tweede bestand bevat enkele interessegebieden, | ||
| dus willen we deze een naam geven om ze eenvoudiger te onderscheiden. Houd er rekening mee dat de naam van het | dus willen we deze een naam geven om ze eenvoudiger te onderscheiden. Houd er rekening mee dat de naam van het | ||
| Line 26: | Line 32: | ||
| ?pathOrUid=Slides/Slide1.mrxs&sessionId={sessionId} | ?pathOrUid=Slides/Slide1.mrxs&sessionId={sessionId} | ||
| en met de volgende json-data in de body | en met de volgende json-data in de body | ||
| + | |||
| [ | [ | ||
| { | { | ||
| Line 36: | Line 43: | ||
| } | } | ||
| ] | ] | ||
| + | |||
| Om te testen of alles werkt, kunnen wij gebruik maken van GetExternalAnnotationFiles, waarmee we dezelfde | Om te testen of alles werkt, kunnen wij gebruik maken van GetExternalAnnotationFiles, waarmee we dezelfde | ||
| json zouden moeten ontvangen. | json zouden moeten ontvangen. | ||
| + | |||
| We kunnen nu de externe annotaties bekijken door middel van een Pathomation Platform weergave zoals PMA.studio. We | We kunnen nu de externe annotaties bekijken door middel van een Pathomation Platform weergave zoals PMA.studio. We | ||
| kunnen ook de zichtbaarheid en opaciteit van elke laag individueel aanpassen | kunnen ook de zichtbaarheid en opaciteit van elke laag individueel aanpassen | ||
| + | {{ ::pma.core_externaljpg.jpg?600 |}} | ||
nl/pmann.1665519422.txt.gz · Last modified: 2022/10/11 23:17 by yves
