PMA.core 3

PMANN เป็นส่วนหนึ่งของ Pathomation back-end API การจัดการ คำอธิบายประกอบ (ภายนอก) ที่แตกต่างกันทำได้ง่ายขึ้น

PMA.core สามารถใช้ประโยชน์จากการใช้ PMANN ผ่านอินเทอร์เฟซของไฟล์ภายนอกและคำสั่ง API ที่เกี่ยวข้อง คำสั่ง API เหล่านี้เกี่ยวข้องกับไฟล์จำนวนหนึ่ง ที่มีคำอธิบายประกอบจากภายนอกบนสไลด์ PMA.core รองรับคำอธิบายประกอบจากภายนอกผ่านผู้จำหน่าย Visioharm, Indica Labs และ Aperio โดยไฟล์แต่ละรูปแบบต่อไปนี้จะได้ถูกรองรับผ่านการแยกวิเคราะห์ไฟล์เฉพาะตามผู้จำหน่ายที่เกี่ยวข้อง:

• Visiopharm .mld
• Indica Labs .annotations
• Aperio .xml

ในการเชื่อมโยงไฟล์ภายนอกกับสไลด์ คุณต้องใช้คำสั่ง API SetExternalAnnotationFiles โดยการดำเนินการนี้จะใช้ กลุ่มของชุดข้อมูลที่คงที่ (Array of tuples) ที่มี ชื่อ และ เส้นทาง สำหรับไฟล์คำอธิบายประกอบภายนอกที่เกี่ยวข้องในแต่ละไฟล์ สำหรับ ชื่อ คุณสามารถใช้ข้อความใดก็ได้เพื่อแยกความแตกต่างจากคำอธิบายประกอบอื่นๆ และ เส้นทาง จะต้องเป็นพาธเสมือน ไปยังไฟล์ที่มีคำอธิบายประกอบ คุณสามารถรับไฟล์คำอธิบายประกอบภายนอกที่ตั้งค่าไว้ก่อนหน้านี้สำหรับสไลด์ผ่านคำสั่ง API GetExternalAnnotationFiles ซึ่งจะส่งคืนชุดข้อมูลของ ชื่อ/เส้นทาง สำหรับแต่ละไฟล์ที่เกี่ยวข้องกับสไลด์

สมมติว่าเรามีสไลด์ชื่อ Slide.mrxs ซึ่งต้องการแนบไฟล์คำอธิบายประกอบจำนวน 2 ไฟล์จากแหล่งที่มาภายนอก และทั้งสองไฟล์อยู่ในไดเรกทอรีเสมือนชื่อว่า Slides

• Slide1.mld
• Slide1.xml

ไฟล์แรกมีข้อมูลการนับเซลล์บางส่วนและไฟล์ที่สองมีข้อมูลบางประการที่น่าสนใจ เราจึงมีการตั้งชื่อเพื่อให้สามารถแยกแยะได้ง่ายขึ้น โปรดทราบว่าชื่อไฟล์ภายนอกจะแสดงต่อผู้ใช้ในโปรแกรมทั้งหมดของแพลตฟอร์ม Pathomation ดังนั้นเราจึงใช้คำสั่ง API SetExternalAnnotationFiles ด้วยสตริงพารามิเตอร์สำหรับสืบค้น

  ?pathOrUid=Slides/Slide1.mrxs&sessionId={sessionId}

และด้วยข้อมูล json ต่อไปนี้

  [
    {
      "Name": "Cell counting",
      "Path": "Slides/Slide1.mld"
    },
    {
      "Name": "Regions of interest",
      "Path": "Slides/Slide1.xmls"
    }
  ]

เพื่อทดสอบว่าคำสั่งทำงานได้ เราสามารถใช้คำสั่ง GetExternalAnnotationFiles ที่ควรคืนค่า json เดิมเป็นผลลัพธ์

ตอนนี้เราสามารถเห็นคำอธิบายประกอบภายนอกโดยใช้โปรแกรมสำหรับเรียกดูสไลด์ของแพลตฟอร์ม Pathomation เช่น PMA.studio นอกจากนี้เรายังสามารถปรับการมองเห็นและความทึบสำหรับแต่ละเลเยอร์ได้อย่างอิสระ