PMA.core 3.0.1

PMA.core ondersteunt drie soorten annotaties: PMA.core annotaties, interne annotaties en annotaties van derden.

PMA.core gebruikt een eigen, interne indeling met de volgende structuur:

• Geometrie: gebaseerd op WKT (Well-known text). Ondersteunt de volgende vormen: Polygon, Linestring,

Point en Multipoint

• Kleur: de kleur van de omtrek in HTML-format
• Invulkleur: de invulkleur (indien van toepassing) die alleen van toepassing is op gesloten vormen zoals polygon
• Classificatie: Een tekst die de classificatie van een annotaties specificeert, zoals tumor, necrose, etc.
• Notities: Vrije tekstnotities en extra informatie die u voor elke annotatie wilt bewaren.

PMA.core ondersteunt annotaties van derden van de volgende leveranciers Visiopharm, Indica Labs en Aperio. Elk van deze formats wordt ondersteunt door het overeenkomende, leverancier afhankelijke bestand te parseren:

• Visiopharm .mld
• Indica Labs .annotations
• Aperio .xml

Voor het lezen van de PMA.core annotaties van een beeld, kunt u de API call GetAnnotations gebruiken, waarmee u alle PMA.core annotaties in json-format ontvangt.

Alle andere PMA.core annotaties functionaliteiten worden aangeboden via de SaveAnnotations API call. Deze call kan nieuwe annotaties creëren, updaten en verwijderen vanuit één API call. PMA.core biedt ook de functionaliteit om de lengte en/of het oppervlak te krijgen voor reeds opgeslagen annotaties via de GetAnnotationDistance en GetAnnotationSurfaceArea API calls.

PMA.core kan gebruik maken van annotaties van derden via de Externe Bestanden interface en de overeenkomende API calls. Deze API associeert een aantal bestanden die bekende annotaties van derden bevatten met een beeld (zie vorige paragraaf). Om externe bestanden te associëren met een beeld, zult u gebruik moeten maken van de API call SetExternalAnnotationFiles. Hierbij wordt gebruik gemaakt van een breed scala aan tuples die de naam en het pad voor elk geannoteerd annotatiebestand van derde partijen bevatten. Voor de naam kunt u iedere tekst gebruiken om te differentiëren tussen andere annotaties en het Pad dient een virtueel pad te zijn naar het bestand dat de annotaties bevat.

U kunt de vorige set van externe annotatiebestanden over een beeld verkrijgen door gebruik te maken van de GetExternalAnnotationFiles API call, waarmee diverse Naam/Pad tuples voor elk bestand wordt getoond die zijn geassocieerd met de beeld

PMA.core biedt een zeer krachtige API om alle bekende annotatie-indelingen naar elkaar te exporteren en te converteren, of dit nu PMA.core annotaties, annotaties van derden of interne annotaties betreft. De API call ExportAnnotations kan iedere bekende annotatiebron converteren (PMA.core annotaties, Interne annotaties, Visiopharm, Indica Labs ,Aperio) naar elk van de andere formats van derden (Visiopharm Indica Labs Aperio). Deze call ondersteunt ook twee verdere, zeer bruikbare formats die buiten PMA.core kunnen worden gebruikt, namelijk de CSV en WKT(Well-Known text) formats. PMA.core probeert om elke indeling zo perfect mogelijk te converteren, maar sommige vormen zijn simpelweg niet verenigbaar met vormen in andere formats. Indien de bron- en doelformats hetzelfde zijn, voert PMA.core geen enkele vorm van conversie uit; u ontvang simpelweg het originele bestand.

Wist u dat PMA.core eigenlijk een geweldige tool is voor het integreren van verschillende annotaties vanuit verschillende bronnen? Kijk voor een uitgebreidere achtergrond op de Pathomation ANNotation subset van functionaliteiten in de API. Wij hebben een blogartikel over annotaties en hoe u hiermee om kunt gaan, niet alleen in PMA.core, maar over het gehele Pathomation softwareplatform.